如何選擇適合的濾膜，主要取決于濾膜與所過濾的流體（水性溶液or有機溶液or兩性溶液）之間的化學相容性。
1) 尼龍膜和親水PTFE膜，由于其廣泛的化學相容性，主要應用于HPLC相關的過濾中。可用于水性溶液和有機溶液的過濾。
2) 親水PVDF和PES膜，由于其低蛋白吸附特性，主要用于蛋白溶液的過濾。也可用于溫和的有機溶液過濾。
3) 疏水PTFE膜，由于其廣泛的化學相容性，主要用于有機溶液的過濾。
4) MCE膜，主要用于水性溶液的過濾和分析監測。